Até a metade do século XVI, o território onde é atualmente ocupado pela Barra de São Miguel foi aldeamento dos índios Caetés, conhecidos pela prática da antropofagia. Segundo a história, eles teriam devorado o bispo Dom Pero Fernandes Sardinha, que veio de Portugal para catequizar a região. Ele teria trazido, então, uma imagem de Santa Ana, que foi abandonada com o ataque dos índios e resgatada anos depois.
A área, de excelente localização geográfica, transformou-se num movimentado núcleo de pescadores. Manoel Gonçalves Ferreira montou um estaleiro para a fabricação de embarcações, que ficaram conhecidas em todo o país e deram emprego aos “experimentos mestres” do local. Foi de lá que saiu o maior navio nordestino da época, o “Sane-Duarte”, e também o maior iate, “Claudio Dubeux”. Com a instalação de novos estaleiros e o início do transporte rodoviário, por volta de 1930, a Barra entrou em declínio, que levou carpinteiros e calafatas ao êxodo para novas indústrias.
A autonomia administrativa ocorreu por força de interesses políticos. Somente em 1963, a Barra foi elevada à condição de município, desmembrado de São Miguel dos Campos.
