Jundiá tem suas primeiras escrituras registradas em Olinda, Pernambuco. O nome do município foi escolhido em razão da grande quantidade de peixes da espécie jundiá encontrados no Rio Manguaba.
A ocupação começou de uma propriedade de Gregório e Vituriana Alves e, mesmo com poucas casas, garantiu progresso pela estrada de Palmares, em Pernambuco e da lavoura canavieira.
Em 1860, quando Dom Pedro II viajou à Colônia Leopoldina também passou por Jundiá, doando terras da Coroa a moradores da região. Os pioneiros do desenvolvimento da cidade são: João Alves de Lima, Francisco Carlos de Oliveira, Joaquim Carlos e Pedro Alves, além de Antônio Buarque, que formou o comércio para Jundiá.
Em 1926 foi construída a primeira igreja pelo padre Francisco Gerardi em louvor à padroeira do município, Nossa Senhora da Conceição.
O movimento da emancipação política de Jundiá começou perto de 1954. Tertuliano Turíbio de Araújo e João Batista de Moraes foram os líderes. Em agosto de 1960, Jundiá foi emancipado de Porto Calvo, ganhando autonomia política.
Em 28 de abril de 2011, foi registrada a maior enchente que a cidade sofreu, chegando a ficar 1 m acima da ponte de acesso aos conjuntos.