Em épocas remotas existia apenas a pequena lagoa na área onde foi edificada a cidade. Em 1842, dois casais – cujos nomes não constam nos anais – chegaram à região, construíram casas e implementaram a agricultura e a pecuária. Parte daí a colonização do território. Algum tempo depois, outras famílias também começaram a se instalar na localidade. Os pioneiros desse processo colonizatório foram José Barbosa, Francisco José Santana e a família Maurício. Com a criação do município de Arapiraca, Lagoa da Canoa passou a integrá-lo na condição de povoado, mas com grande importância no contexto econômico, social e político. As fazendas de café trouxeram emprego e renda. Além disso, servia como ponto de apoio na estrada que ligava Arapiraca a Traipu e Girau do Ponciano.
A sua evolução crescente culminou na elevação à categoria de município autônomo, em 28 de agosto de 1962, através da Lei nº 2.472. Desmembrado de Arapiraca, o novo município foi instalado oficialmente em 25 de janeiro de 1963.
