O Capitão Antonio Rodrigues da Silva, considerado o primeiro morador da região, deu origem ao povoado com apenas uma fazenda de gado.
As origens sobre a denominação da atual cidade são contadas pelos moradores mais velhos de várias formas. Dentre as quais duas se destacam. A primeira delas conta que a grande quantidade de pés de limoeiro, serviam como sombras frondosas onde descansavam os exploradores e caçadores das matas da região (?). Versão contestada pelo historiador Gilberto Barbosa Filho.Já na outra versão, o nome do município é atribuído à construção (por Rodrigues da Silva) de uma capela, que a princípio seria em devoção à Santa Cruz. Com o termino da construção houve o nascimento de um limoeiro ao lado da pequena capela. Diante do acontecimento, Rodrigues resolveu homenagear aquela que teria lhe mandado um sinal, colocando a dupla invocação à capela, que ficou com duplo orago: Santa Cruz e Nossa Senhora da Conceição (Nascimento) do Limoeiro. Pelo povoado ter se desenvolvido próximo à capela, ficou conhecido por Limoeiro.