O município deve seu nome ao major Isidoro Jerônimo da Rocha (1852-1936), fundador do povoado denominado à época Sertãozinho. A colonização, no entanto, começou com a chegada a Sertãozinho do patriarca maior, Antônio Jerônimo da Rocha, de em 7 de setembro de 1854, vindo da região chamada Volta de Dois Riachos, hoje município de Dois Riachos, quando comprou uma propriedade na região e se instalou com sua família. Dos filhos, apenas Isidoro manteve os negócios do pai, que era conhecido como o patriarca de Sertãozinho.
Como distrito de Sertãozinho, a localidade de Major Isidoro é citada, em 1871, na obra Geografia Alagoana de Tomás Espíndola. Diz ele tratar-se de um pequeno povoado situado a uma légua do Riacho do Sertão e muito apropriado à criação do gado.
Sob o ponto de vista judicial, Major Izidoro, mesmo após sua emancipação política, permaneceu como termo da comarca de Santana do Ipanema. Somente em 11 de novembro de 1952 foi elevado à condição de comarca independente.
No clássico Terra das Alagoas, de autoria de Adalberto Marroquim, do ano de 1922, há referências ao distrito de Sertãozinho. Ele apresenta o lugar como uma das povoações pertencentes a Santana do Ipanema e sede do 3º distrito judiciário. Afirma ainda que lá existia, naquele tempo, uma escola pública mantida pelo estado.