Foi fundada em 5 de agosto de 1591 com o nome de povoado de Vila Madalena do Sumaúma. Servia para proteger o pau-brasil do contrabando e da ação de piratas e outros. O município foi criado em 12 de abril de 1636, passou a ser denominada de Vila Santa Madalena da Lagoa do Sul.[9]
Em 16 de setembro de 1817 passou a ser a capital da capitania de Alagoas, criada nesse ano, sendo o nome da vila alterado para Alagoas da Lagoa do Sul. Em 08 de março de 1823 foi elevada a cidade.[9]
A capital da província de Alagoas passou para Maceió em 1839. Cem anos depois, em 1939 o nome da cidade foi mudado para o atual, em homenagem ao filho ilustre Marechal Manuel Deodoro da Fonseca, alagoano que proclamou a república e se tornou o primeiro presidente do Brasil, nascido na cidade em 5 de Agosto de 1827.
